Eddi免费帮你设计小鼠敲除方案
小鼠模型定制方案需要考虑很多因素:
定制的目的是什么、该基因敲除是否致死、该基因敲除是否不育、哪个是主要转录本、敲除哪个区域效果最好、敲除是否会影响其他基因等等。因此小鼠模型定制方案通常需要交给非常熟练的方案设计专家分析和制作。
不想找技术人员?
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OK,没问题,smarteddi来帮你!
南模生物已建立超4000种基因修饰小鼠模型,累计了大量可靠的案例,在此基础上采用国际领先基因编辑算法开发出一套智能分析系统:SmartEddi。
SmartEddi系统采用人工智能算法,通过分析基因结构和信息,给出1-3个定制方案以供选择。使用 SmartEddi™ 时,只需要输入该基因的完整名称即可快速获得该基因的敲除以及条件性敲除的定制方案。更重要的是,SmartEddi系统免费开放给科研工作者,你也可以自己设计方案,快来和我们一起试试吧!
Step1: SmartEddi 入口
网页版:
打开官网网页https://www.modelorg.com/,点击“访问SmartEddi”按钮进入搜索页面
手机版:
关注南模生物公众号,点击下方“一键定制方案” 进入搜索页面
Step2:输入您的目的基因、敲除类型和技术即可获得报告
根据您的实验需要,选择敲除类型和技术(【小鼠大学问】定制策略CRIPSR和ES,如何选择?),然后输入目的基因进行搜索。
如果敲除类型您还不确定,建议先打开KO方案,参考方案内 “已有模型报导” 部分的表型描述,若有报导该基因敲除纯合会胚胎致死或新生致死,那么后续很难获得KO纯合小鼠,因此是建议做条件性敲除。
为了更准确获得定制方案,输入的基因名称建议使用NCBI的基因ID,因为有很多基因曾用名是重叠的,而基因ID是唯一的,。
友情提醒:某些基因和其他基因重叠,需要研究者根据自己研究进行取舍,
Step3:选择最优方案
SmartEddi系统给出1-3个定制方案以供选择,方案一是默认的最佳方案,但是也可以根据实验需要选择最适合自己的方案,然后点击右方的下载按钮即可下载。
关于方案选择,有以下建议:方案最核心的地方是敲除区域,敲除区域通常是会选择导致移码突变的 exon,或者选择编码重要结构域的 exon,从而实现蛋白突变或缺失。选择方案时需根据基因的具体结构,选择最佳方案。
怎么样?是不是很简单,快来试试吧!
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